Через два месяца после смерти футболиста его подруга Мар Ролдан родила сына Айтора Антонио в больнице «Sagrado Corazоn». Одним из первых молодую мать поздравил президент «Севильи» Хосе Мария дель Нидо. Айтор Антонио стал обладателем пожизненного абонемента на стадион «Рамон Санчес Писхуан». Кроме того, Пуэрта-младший унаследовал от отца 16-й номер клуба. Если он не станет футболистом, то эта цифра в «Севилье» будет навечно закреплена за Антонио Пуэртой (однако в нынешнем сезоне под номером 16 играет Давид Прието. Сделано это по причине того, что Федерация футбола Испании запретила закреплять номер 16 за Пуэртой, так как по правилам необходимо, чтобы все номера с 1 по 25 были закреплены за действующими игроками, а после 25-ого — по желанию).

Во время церемонии награждения сборной Испании по футболу золотыми медалями Евро-2008 защитник испанцев Серхио Рамос получал награду и праздновал победу с командой в майке с изображением Пуэрты и надписью: «Всегда с нами» (Siempre con nosotros).

Предположения о причинах смерти
Есть мнение, что это спланированное убийство было организовано в отместку за опубликование информации о договорных матчах (и схемах, с участием «Рубина», «Луча-Энергии», «Томи» и т.д.). После смерти Гильмуллина на 3 месяца закрылся блог «Вся правда о футболе», который инкогнито ведут действующие футболисты, выступающие за клубы российского чемпионата. С октября блог возобновил свою работу, но июньских записей там теперь нет — удалены.

Камерунский футболист, погиб от сердечного приступа во время полуфинала Кубка Конфедераций в 2003 году. Посмертно получил серебряную медаль турнира. В клубе «Манчестер Сити» навечно изъят из обращения номер «23», под которым он играл.

18 августа 2001 года в игре против «Анжи» в Махачкале при столкновении с нападающим Будуном Будуновым (Будун Будунов также получил тяжелейшую травму с потерей памяти, однако не только выжил, но и вернулся в большой футбол) получил серьёзную травму головы. Сначала травма казалась средней тяжести, Сергей был в сознании до конца матча. Но по дороге в аэропорт он впал в кому, повлёкшую клиническую смерть. Несмотря на все усилия врачей, 28 августа в 5:25 утра футболист скончался в московском институте нейрохирургии им. Н. Н. Бурденко.

Заключение врачей: «Тотальный отёк головного мозга, остановка мозгового кровотока с последовавшей за этим гибелью клеток головного мозга».

Похоронен 30 августа в Днепропетровске, на Запорожском кладбище. На похоронах Сергея присутствовало около 10 тысяч человек. Значительное количество болельщиков ЦСКА ранее посетило прощание с Перхуном в Москве, некоторые полетели в Днепропетровск. На гражданской панихиде присутствовали и фанаты «Спартака», и болельщики других клубов. На оставшихся матчах сезона ЦСКА болельщики выставляли на трибунах огромную футболку с номером и фамилией Перхуна.

Был женат, отец двух дочерей. Младшая родилась уже после смерти отца.

В 2005 году отец Владимир Сергеевич Перхун написал книгу «Мой сын — вратарь».

Причина сердечного приступа пока не установлена. В субботу Харке провёл тренировку в рамках подготовки к предстоящему матчу, и его состояние здоровья не вызывало подозрений.